僕の妹は漢字が読める

2202年、作家を目指す高校生のイモセ・ギンは妹のクロハとともに大作家、オオダイラ・ガイのもとへと向かう。10歳ほどの二次元の妹を愛するガイはギンと出会い、ギンの10歳の下の妹ミルの存在を知って彼女に会いたがる。後、ギンは2人の妹を連れて再びガイのもとを訪れるが、ギンと2人の妹、そしてガイは突然タイムスリップしてしまう。

クロハのやきもちがだんだん強くなるのを感じながらも、ギンはユズや妹たちと楽しい日々を送っていた。しかしある日、チョウマバヤシ博士がギンに不吉な話をする。「君がクロハと結ばれないと、彼女は消されてしまうのだ-」歴史を左右する危険因子となったクロハに伸びる魔の手。愛するみんなと萌え文化のため、ギンは本当の未来を切り拓く。