六畳間の侵略者!?

父の転勤によって高校入学と同時に一人暮らしをすることになった里見孝太郎は、「月5000円・敷金礼金無し」の格安物件である築25年のアパート・ころな荘の106号室へ引っ越すことになる。過去の106号室入居者は幽霊が出没するとの理由から、ことごとく短期間で引っ越してしまっていたのである。入学式の晩、孝太郎の前にその幽霊である・東本願早苗が現れる。早苗は孝太郎に対して106号室の先住権を主張し、彼を追い出そうとする。そして、翌日には106号室の窓を突き破って自称・魔法少女の虹野ゆりかが、翌々日には畳の下から古代文明の地底人の末裔を自称するキリハが、翌々々日には転移先に指定した壁から宇宙人の神聖フォルトーゼ銀河皇国第7皇女・ティアミリスが、それぞれ理由を付けて106号室を占拠すべく乱入する。一時は地球滅亡の危機に陥るが、騒ぎを聞きつけた大家の笠置静香が介入し、圧倒的な武力を持って騒ぎを鎮圧させ、平和的に争うようにころな陸戦規定を締結させる。106号室を争ってゲームをしているうちにお互いを認め合った孝太郎たちは、各々の敵を協力して撃退していくようになる。そしてバレンタインデーの前後からそれぞれの関係が急変し、一時は敵対していたクラリオーサや藍華真希、巻き込まれた桜庭晴海も仲間になる。それに呼応するかのように、敵対する悪の魔法少女・地底人の急進派・宇宙人の軍拡派も手を結び、戦いは激しくなっていく。

さらわれた賢治たちを救い出せ！　灰騎士と直接対決！ 再建された宇宙戦艦『青騎士』を筆頭とする新戦力で敵本拠地に攻撃をかけた孝太郎たち。 しかしそれは灰色の騎士の罠だった。大規模な戦闘の裏で賢治とナルファがさらわれてしまったのだ！ 親友たちを人質に取られ激しく落ち込む孝太郎。仲間のおかげで光明を掴んだ彼はとにもかくにも救助のために動き出す。 いっぽう、囚われた賢治は灰色の騎士の正体に気づき、その真意に迫ろうとするのだった……！