僕は友達が少ない

聖クロニカ学園（せいクロニカがくえん）高等部2年生の羽瀬川小鷹は、転校初日から遅刻し、それで焦ってしまったことから悪循環で自己紹介も失敗してしまった。転校から1か月経っても、くすんだような金髪と転校初日のことが原因で周囲にヤンキーと勘違いされて避けられており、クラスで浮いた存在であった。ある日の放課後、忘れ物の体育服を取りに教室へ戻った小鷹は、いつも不機嫌そうにしている同級生の三日月夜空が1人で楽しげにしゃべっているのを目撃。エア友達と話していたと釈明する夜空は、同じ境遇の小鷹を見たことで、友達を作るために隣人部（りんじんぶ）という部活を創部し、小鷹も無理やり入部させられることになる。やがて隣人部には、女王様気質で柏崎天馬理事長の娘でもある金髪碧眼の美少女・柏崎星奈、「しんのおとこ」を目指す楠幸村、変態気質の天才発明家・志熊理科、邪気眼の小鷹の妹・羽瀬川小鳩と、非常に「残念」な美少女達が次々と入部してくる。また、飛び級幼女で下品なシスター・高山マリアが「顧問」として加わった。そういった面々と「残念」な日々を過ごす中、夜空や星奈との過去の接点、幸村・マリア・小鳩にまつわる重大な事実の判明、そして自身の人間関係の変化を機に、小鷹は彼女達との関係について深く考えさせられることになる。