白衣の元繰術士と黒銀の枢機都市

多層構造海上枢機都市ハーモニカ。闇生物から人類を守るために東京湾海上に建造された防衛の要。その退闇校の生徒、玖珂狛矢は調査活動中、闇生物に襲われたところを助けた少女、四十崎士央と、とある事情で奇妙な同居生活を始めることに。そんな中、次第に明らかになる士央の秘密。彼女の体に隠された、人類と闇生物の戦いを左右する驚愕の真実とは。

研究科と元繰術科の両方に属していることに加え、士央の元繰術の訓練につきあうなど忙しい日々を送る狛矢。そんなある日、幼馴染の果路菜が狙撃される事件が起きる。不思議なことに果路菜に外傷もなく元気な様子だったが、どうも様子がおかしい。物覚えのよい彼女があらゆることを忘れているようなのだ。犯人を突きとめるべく動き出す狛矢だが...。