物理の先生にあやまれっ！

アキバに突如現れた巨大ゴーレム、通称"AAE"。その存在理由を知る日米ハーフの天才科学者ソフィーの下に、日本中から集められた21人の高校生達。キューこと橋良九星は"AAE"のパイロットとして名乗りを上げるが、黒髪に純白のリボンの美少女、綾瀬川椛にその座を奪われ...。世界の平和は彼らが守る。

世界七箇所に突如現れた謎の巨大ゴーレムAAE。そのパイロットとしての証である門章を持つ生徒が集う星立・真宮研究所附属AAE高校の初代星徒会長に就任したキューこと橋良九星は、AAEを操ることが出来ないが女子にはモテモテだ。同級生の椛、月緒、アムリネス、ナディアがキューのために副会長の座を争い、激しいバトルを繰り広げることに。高校生活は順調かに思えたがAAEを巡り先進各国が不穏な動きを見せ始める。そしてAAEの謎を知る天才科学者真宮ソフィー村本はキューに真実を打ち明けた...。