ひきこもりの彼女は神なのです。

高校進学を機に、とある学生寮での新生活をスタートさせた主人公・名塚天人。だが彼が本来入るべき部屋には"冥界の王"を名乗る少女、氷室亜夜花が居座っていた。天人は自分の居場所を確保するために、亜夜花をあの手この手で誘い出そうとするが……。

唯一神・御子神てとらの弱体化によって、街では悪神・氷室結に扇動された人外たちの騒乱が頻発。「天秤の会」が総出で対応を強いられる中、新たな神となった天人は亜夜花とともに戦う意志を強めていく。一方、寮を出た梨玖はてとらに頼まれた"役目"を果たすべく行動していたが...!?人と「人ならざるもの」の命運をかけた戦い、怒涛のクライマックス。