櫻子さんの足下には死体が埋まっている

北海道・旭川市に住む高校生・館脇正太郎は、良家のお嬢様にして「骨」を愛してやまない標本士の女性・九条櫻子と、とある切っ掛けで交流を持つようになる。その先々で様々な人の死に絡む事件に遭遇することとなり、検視官としての技能を持つ櫻子の推理に付き合うこととなるが、やがて不可解な殺人事件の背後に潜む教唆犯・花房の影が見え隠れしてゆく。

行き先も告げず、櫻子さんが消えた...。正太郎は担任の磯崎と、櫻子の親戚の薔子と共に、櫻子さんの足跡を辿り始める。誰も居ない櫻子の屋敷を経て、層雲峡の温泉地へ向った正太郎たちが見たものは......。