新・魔法科高校の劣等生 キグナスの乙女たち

伝説の魔法師・司波達也とその妹・深雪が卒業して一年。魔法科高校に二人の少女が入学する。 十文字アリサと遠上茉莉花。 幼少から本当の姉妹のように育てられてきたが、「とある」事情で二年前からアリサは魔法師の名家、十文字家に預けられていた。彼女たちは、第一高校に入学したことで久しぶりの再会を果たす。 無邪気で無防備なアリサと茉莉花。 魔法の勉強、部活、友情、青春、そして恋――たくさんのドキドキワクワクに胸踊らせながら、二人の魔法科高校での生活が幕を開ける!

魔法科高校での生活に慣れてきたアリサと茉莉花。今度こそアリサと同じクラスになりたい茉莉花は、月に一度のクラス振り分けテストでその夢を叶えるべく、試験科目である魔法の特訓に挑み始める。 一方アリサも入部したクラウド・ボール部の活動に力を入れる。いまだに勝利への闘争心は少ないが、楽しんで活動をしていた。 そんなある日、クラウド・ボール部部長の初音から、三高との対抗戦が決まったことを告げられる。初の対外試合に戸惑うアリサの対戦相手は、魔法の名家、二十八家に連なる一色家の出身で――。 魔法科高校の生徒たちの波乱な青春が繰り広げられる!