魔法科高校の劣等生

かつて「超能力」と呼ばれていた先天的に備わる能力が「魔法」という名前で体系化され、強力な魔法技能師は国の力と見なされるようになった。20年続いた第三次世界大戦が終結してから35年が経つ西暦2095年、魔法技能師養成のための国策高等学校の一つ、国立魔法大学付属第一高校に、エリートとして将来を約束された「一科生（一課生）」の妹と、その補欠である「二科生（二課生）」の兄が入学した時から、卒業するまでの物語である。

水波を奪還し、今までの日常に戻りつつある達也と深雪。しかしそれはつかの間のものでしかなかった。 USNAのエドワード・クラークは焦りを覚えていた。達也を無害化するための謀略に対する達也の警告。このままではUSNA内での立場が危うくなり、それを回避するには達也を斃すしかないと。 そして、新ソ連のベゾブラゾフも復讐の機会をうかがっていた。二度にわたる達也への攻撃が失敗に終わり、自身の戦略級魔法のためのCADまで破壊され、この雪辱に執念を燃やしていた。さらにもう一人の戦略級魔法師も達也へ狙いを定める! それぞれの思惑は巳焼島で交差する――。