とある魔術の禁書目録

超能力が科学によって解明された世界。能力開発を時間割り（カリキュラム）に組み込む巨大な学園都市。その街に住む高校生・上条当麻のもとに、純白のシスターが現れた。彼女は禁書目録（インデックス）と名乗り、魔術師に追われていると語る。こうして上条当麻は、科学と魔術の交差する世界へと足を踏み入れていく。

ローマ正教の暗部『神の右席』最後の一人、右方のフィアンマ。彼の企てる『計画』 が、ついに発動する。第三次世界大戦下のロシア上空に浮遊した巨大要塞『ベツレヘムの星』。十字教信者だけでなく、全世界の人間を「救う」と言われるそれは、しかし人類史上でも未曾有の大災害が発生することを意味していた。フィアンマが『浄化』と呼ぶその謀略が蠢く中、三人の少年は自らの想いを胸に戦い続ける。浜面仕上は、滝壷理后の治療を終え、クレムリン・レポートを未然に防ごうと動いた直後、宿敵・麦野沈利と相まみえた。一方通行(アクセラレータ)は、大天使ミーシャをかろうじて退け、ついに打ち止め(ラストオーダー)を救う『とある解法』に行き当たる。しかしそれはまさに禁断の一手だった。そして上条当麻は、『ベツレヘムの星』計画を食い止めるため、インデックスを解き放つため、単身フィアンマに挑む...。